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猪繁殖与呼吸综合征病毒HLJ-80株GP5蛋白的生物信息学分析
2024-11-22 10:24 陈羚瑜,陈玥嬴,岑金淇,赵孟孟 
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摘要:猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)是一种严重威胁猪群健康的病毒性疾病。为进一步了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)HLJ-80株GP5蛋白的结构和功能,对该病毒株的GP5基因进行了生物信息学和序列分析。结果显示,HLJ-80株GP5蛋白编码201个氨基酸,基因全长为603 bp,该蛋白分子质量为22.2 kDa,等电点(pI)为8.85,不稳定系数为39.17。该病毒株GP5蛋白属于疏水性蛋白,含有信号肽,其剪切位点位于第31~32位氨基酸之间。亚细胞定位预测显示GP5蛋白定位于内质网中。根据跨膜螺旋结构的预测,GP5蛋白存在3个跨膜螺旋结构。此外,该蛋白存在38个磷酸化位点和29个O-糖基化位点。抗原性结果显示,GP5蛋白的柔韧性较差,表面可及性区域较少。氨基酸序列同源性结果表明,HLJ-80株与NADC30株的GP5蛋白同源性最高,与GM2株的GP5蛋白同源性最低,且HLJ-80株GP5蛋白存在9个氨基酸突变位点。基因系统结果显示,HLJ-80株与NADC30株GP5基因具有最近的遗传距离,与QYYZ株GP5基因具有最远的遗传距离,本研究为监测PRRSV的流行特点提供新的数据。

关键词:猪繁殖与呼吸综合征;HLJ-80;GP5蛋白;生物信息学;序列分析;

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